研究人員應(yīng)用454 Sequencing System 對禽流感進行快速測序

德國Institute of Diagnostic Virology, Friedrich-Loeffler-Institute Insel Riems 的一組研究人員最近開發(fā)了一種簡便快捷的用于Genome Sequencer FLX system 測序的人禽流感樣本制備方法。

H5N1 亞型高致病性禽流感病毒（HPAIV）作為一種潛在流行威脅已經(jīng)引起了全球的關(guān)注，該病毒已經(jīng)導(dǎo)致數(shù)百萬禽類死亡，并且大量病例報道該病毒已經(jīng)引起致命的人類感染。病毒變異引起的致病性增強，意味著病毒對人類健康的威脅日益增加，這就要求發(fā)展出一種快速可靠的方法對病毒突變進行深入詳盡的測序分析。Höper 及其他研究人員(1)設(shè)計了一種簡便靈敏的方法用于從HPAIV H5N1 RNA 樣品中制備測序文庫用于Genome Sequencer FLX instrument 測序。該方法將高通量454 測序技術(shù)完美的整合進分析過程，并且只需用到標(biāo)準(zhǔn)PCR 技術(shù)、制備Genome SequencerFLX 樣本及測序相關(guān)儀器，而無需其它儀器或分子生物學(xué)技術(shù)。

根據(jù)作者描述，該方法是第一種公開發(fā)布的使用Genome Sequencer FLX 對人源樣本的HPAIV H5N1 全基因組進行測序的方法。使用GS FLX System 對鳥槍文庫進行大量的平行測序能夠在一次檢測過程中生成多達500Mb 的原始序列數(shù)據(jù)。測序數(shù)據(jù)極大的覆蓋深度使得多個獨立讀數(shù)能夠代表每一個核苷酸。

Dirk Höper 談到 “該方法不僅毫不遜色于常規(guī)測序技術(shù)，而且勝過了先前對禽流感病毒紅血球凝集素基因診斷相關(guān)位點的Single-read 測序結(jié)果”�！拔覀兊姆椒�能夠?qū)�從常�?guī)樣品中獲取的HPAIV H5N1 全基因組進行測序，既不用對病毒在蛋或細胞培養(yǎng)基中進行培養(yǎng)，也無需克隆擴增cDNA。該方法能夠在3 天之內(nèi)對多達8 個病毒全基因組進行測序，而且測序方法的深度也保證了測序結(jié)果的可靠性。該方法具有與常規(guī)診斷方法相整合的潛能�！痹摲椒�能夠簡便的用于不同HPAIV 亞類的檢測，能夠?qū)Σ《净�因組全長進行測序。

“高度準(zhǔn)確及快速檢測的特性使得454 測序技術(shù)成為醫(yī)學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域中理想的診斷手段。該項研究證明了我們的技術(shù)在未來的病毒學(xué)診斷應(yīng)用領(lǐng)域中的巨大潛力�！�454Life Science 主席及CEO Chris McLeod 說到。

作為羅氏應(yīng)用科學(xué)卓越成員的454 Life Sciences 公司，研究發(fā)展了用于超高通量DNA 測序的創(chuàng)新454 測序系統(tǒng)并將其推向市場。其應(yīng)用領(lǐng)域包括對基因組進行重測序及再測序，宏基因組學(xué)、RNA 分析以及目標(biāo)DNA 區(qū)域測序。454 測序系統(tǒng)的特點在于其簡便一致的樣品制備方法，以及包括paired-end 讀取在內(nèi)的高度準(zhǔn)確的長測序結(jié)果。454 測序系統(tǒng)能夠滿足不同領(lǐng)域的數(shù)百種同行評審研究需要，包括癌癥及感染疾病研究、藥物發(fā)現(xiàn)、海洋生物學(xué)、人類學(xué)、古生物學(xué)以及更多領(lǐng)域的研究。更多信息，請查看http:///。