2011羅氏診斷454二代測序平臺技術研討會在京滬舉行

 

羅氏診斷應用科學部于9月19日及21日分別在上海和北京舉辦“2011羅氏診斷454二代測序技術新進研討會”。本次研討會邀請來自高等院校、醫(yī)院、科研院的近100位新老客戶參加，在此次會議上羅氏診斷應用科學部隆重推出了454二代測序技術家族中最新升級的GS FLX+ 測序儀，并邀請國內外專家就454系統(tǒng)的特長優(yōu)勢及應用領域進行介紹及經驗分享。

 

 

在會議上，羅氏診斷全球產品經理Xuemin Liu博士、杜克大學神經生物學Erich Jarvis教授、德國IMGM Laboratories項目經理Stefan Kotschote先生、中國醫(yī)學科學院中國協(xié)和醫(yī)科大學藥用植物研究所 孫超教授及李瀅老師及上海眾信生物技術有限公司何有裕總經理相繼對產品特長及相關應用進行了深入細致的介紹，并分享了應用454系統(tǒng)開展的項目案例以及實踐經驗。與會者頗為關注，并在互動環(huán)節(jié)上提問積極，表現(xiàn)了對新產品相當?shù)年P注度。

 

GS FLX+系統(tǒng)是羅氏診斷應用科學部在今年下半年推出的基于原有GS FLX系統(tǒng)升級的二代測序儀。 據(jù)Xuemin Liu博士介紹，GS FLX+系統(tǒng)既可以通過購買新儀器獲得，也可以在原有GS FLX系統(tǒng)上進行設備升級獲得。升級后的設備具有：（1）超長讀長，單讀長可達1000bp，45%的測序讀長超過700bp ，85%的測序讀長超過500bp；（2）提高后通量，一次運行可獲得1,000,000條測序讀出，典型通量達700Mb總量；（3）準確率高，以15倍覆蓋的大腸桿菌基因組測序為例，準確度達99.997%；（4）快速，單次運行僅需23小時同時可以進行序列分析，升級后的運算處理設備（HP Z800）配合454分析軟件解讀生物信息；（5）廣泛應用，超長度長優(yōu)勢在全新基因組拼接，復雜基因組研究，序列捕獲定向測序，擴增子測序，轉錄組全新拼接，宏基因組以及高度可變基因組區(qū)域有獨有優(yōu)勢。

 

 

Erich Jarvis教授多年來致力于鳥類發(fā)聲學習的研究，通過全基因組測序拼接的結果，獲得與之相關的基因，了解該性狀的發(fā)生過程并推測各個品種間進化關系。Erich Jarvis教授指出，454系列產品尤其最新的FLX+系統(tǒng)的長度長優(yōu)勢很好的完成了parrot基因組的拼接任務，通過與其他平臺的比較，長度長對于挺高了contig及scarfold的大小降低對于生物信息學數(shù)據(jù)處理的要求有非常明顯的優(yōu)勢。

 

 

Stefan Kotshote先生所在的IMGM實驗室多年以來為醫(yī)療診斷、藥物實驗室、科研院校以及生物企業(yè)提供測序等高通量平臺服務。此次Kotschote先生分享了使用454平臺的經驗，介紹了各種序列捕獲技術與擴增子在定向測序中的應用，介紹了454測序技術在Medical Sequencing領域的成功案例。他特別強調了生物信息技術對于二代測序結果利用程度的重要性，454測序質量與長度對于獲得有用的序列信息進而得到相關生物意義非常有幫助。　　

 

報告題目：《 454高通量測序技術在藥用植物研究中的應用》

 

植物基因組研究是目前我國基因組學研究的熱點之一，包括農作物以及中醫(yī)藥用植物等，而由于其多倍體以及自雜交等特性又是測序拼接的難點。北京藥用植物研究所是國內最早開始使用454平臺進行研究的實驗室之一，已經摸索出了較為成熟的轉錄組研究實驗方案，利用454平臺長度和質量特點，通過有限的運行次數(shù)就可以獲得高質量的轉錄組拼接，發(fā)表了多篇過有國際影響力的相關文章。也表明了該平臺在植物基因組研究方面的優(yōu)勢。

 

 

何有裕先生是國內知名技術服務公司眾信生物技術的首席科學家，該公司主業(yè)務以二代測序平臺為核心。何博士介紹對于實驗室建立二代實驗平臺經驗，在儀器采購，人員配置，實驗室管理，實驗設計各個環(huán)節(jié)，實驗數(shù)據(jù)保存和分析給出了詳細中肯的建議意見，獲得了與會者的良好回應。

 

 

羅氏454 測序平臺一直以來注重產品的持續(xù)性發(fā)展，不但通過推出GS Junior系統(tǒng)為小型試驗室及小型測序平臺帶來技術觸手可及的二代測序技術，而且同時關注經典的大規(guī)模測序的GS FLX系統(tǒng)的發(fā)展，在保證測序質量的基礎不斷延伸單個讀長長度，提高總通量，是二代測序領域中讀長長度與測序質量完美結合的代表。

GS FLX+系統(tǒng)該系統(tǒng)通過改進設備硬件、實驗試劑以及軟件升級，使得單個讀長已經可以達到1,000bp，到達傳統(tǒng)毛細管電泳的檢測長度，同時也具有可以與之媲美的測序質量，期望在不久的將來能夠廣泛替代傳統(tǒng)測序系統(tǒng)。延伸后的讀長，同時保證了更大的測序通量，從而降低測序成本。應用于基因組圖譜全新拼接及轉錄組測序可以得到更完整覆蓋，定向測定可以擴展到捕獲序列間隙的片段，宏基因組研究可以更準確的鑒定物種及分辨相似品系。

   

 

　　關于羅氏診斷：

 

　　羅氏總部位于瑞士巴塞爾，是全球在醫(yī)藥和診斷領域，致力于研究并處于領先地位之一的保健集團。羅氏的診斷部門提供了獨一無二的產品品種，為全世界的研究人員、醫(yī)師、病人、醫(yī)院和實驗室提供多樣化的創(chuàng)新測試產品及服務。羅氏診斷在全球有近19,000人員正致力于科研、發(fā)展、產品的市場運作和服務以及一體化的解決方案。

 

　　關于羅氏診斷應用科學部：

 

　　羅氏的診斷部門在成功收購德國寶靈曼公司(Boehringer Mannheim GmbH.)后，成立了專業(yè)服務于科學研究領域用戶的羅氏應用科學部(Roche Applied Science)，憑借半個多世紀在生命科學研究領域積累的經驗，羅氏應用科學部已成為在此領域中具領先地位的試劑及系統(tǒng)供應商之一。