第一天上午 |
表觀遺傳學研究內(nèi)容及思路,DNA甲基化原理、應用及研究 |
1. 表觀遺傳學研究內(nèi)容及調(diào)控機制。
2. 通過近期Cell文章掌握表觀多組學研究思路。
3. 高通量測序技術(shù)概述。
4. 表觀遺傳學各組學測序技術(shù)及分析內(nèi)容。
5. DNA甲基化理論:作用機制及研究應用。 |
理論 |
第一天下午 |
Linux及R語言實操,DNA甲基化數(shù)據(jù)分析 |
1. 常規(guī)基礎(chǔ)Linux命令入門講解及實操訓練。
2. R語言簡介及安裝,RStudio的安裝及使用說明。
3. R語言語法介紹及常用命令。
4. DNA甲基化測序數(shù)據(jù)分析(bismark,methylKit等軟件)。
5. DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)分析(IMA等軟件)。 |
實操 |
第二天上午 |
組蛋白修飾及ATAC測序技術(shù)、分析思路及流程
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1. 組蛋白修飾的研究方法及技術(shù)發(fā)展。
2. 組蛋白修飾的研究內(nèi)容及科研思路。
3. 組蛋白修飾數(shù)據(jù)的分析流程及繪圖。
4. 組蛋白和多組學數(shù)據(jù)的整合分析。 |
理論 |
第二天下午 |
組蛋白修飾及ATAC數(shù)據(jù)分析
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1. 利用fastqc、cutadapt及Trimmomatic對原始數(shù)據(jù)進行質(zhì)控。
2. 通過bowtie2、bwa等軟件進行基因組mapping。
3. 通過MACS2軟件進行peak calling。
4. 利用HOMER軟件進行peak注釋及motif分析。
5. 調(diào)用R語言包Diffbind進行差異peaks分析。 |
實操 |
第三天上午 |
非編碼RNA、表觀轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容及思路 |
1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析內(nèi)容及思路介紹。
2. 長非編碼RNA、microRNA及circRNA的研究方法及思路。
3. 轉(zhuǎn)錄組多組學整合分析思路和案例介紹。
4. 表觀轉(zhuǎn)錄組學研究內(nèi)容及多組學整合思路。
5. 組學分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。 |
理論 |
第三天下午 |
mRNA及非編碼轉(zhuǎn)錄組分析:定量、差異、功能富集及網(wǎng)絡(luò)
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1. 通過tophat2、hisat2軟件進行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)mapping。
2. 通過HTSeq及featureCounts進行基因表達定量。
3. 通過Deseq2,edgeR等R語言包進行差異表達分析。
4. 應用DAVID及metascape網(wǎng)站進行通路富集分析。
5. 箱型圖,熱圖,網(wǎng)絡(luò)圖,GO、KEGG富集圖,GSEA等圖形繪制。 |
實操 |