海外華人談Phenome 2020之普度大學(xué)楊揚

受疫情影響，上周舉行的美國植物表型會議Phenome 2020并沒有來自中國大陸的代表。Phenome會議歷來是國際植物表型圈最棒的會議之一，為了更好的與國內(nèi)植物表型圈同仁分享會議進展，我們邀請到幾位海外華人代表談一下他們的參會感想。今天來分享的是普度大學(xué)楊揚博士。

自2017年起，每年一度，北美植物表型協(xié)會和美國植物生物協(xié)會都會在早春二月的沙漠共同主辦一場有關(guān)植物表型組學(xué)的大會——Phenome。至今年已是第四個年頭 (Phenome2020)。
 

從表型組學(xué)的角度，Phenome 應(yīng)該是這個領(lǐng)域在北美的頂級盛會，沒有之一。每年，組織者們都能請來分子生物學(xué)、育種、植物生理學(xué)或是計算機科學(xué)、工程等等領(lǐng)域的大牛們來作精彩的專題報告。同時來自北美、歐、亞太等地這些領(lǐng)域的中堅與新星也都積極參與這個平臺，一來分享各自的科研進展與心得，二來也借由盛會了解植物表型的最新動態(tài)。當然，最讓大家開森的是可以認識各個領(lǐng)域的新（/🐂牛）朋友們——我今年又很開心地認識了好些冉冉升起的新星——后生可畏呀。
 

今年的大會一如既往的請來了根系表型、生態(tài)與生物信息學(xué)以及人工智能方面的大牛們來“布道”。他們分享的數(shù)據(jù)、經(jīng)驗以及對未來格局的展望都給人留下深刻的印像。而覆蓋了算法開發(fā)與應(yīng)用、根系表型、傳感器系統(tǒng)開發(fā)、分子生物學(xué)、育種學(xué)等方方面面的專題演講也讓人有耳目一新的感覺。
 

比如Danforth Center 李茂博士不僅成功地開發(fā)出幾何形狀分析在植物表型中的算法，并且已經(jīng)成功的將其應(yīng)用在花鏸的表型研究當中。來自日本的三維圖像形成與幾何形狀分析與李博士的報告有異曲同工之妙。
 

根系表型一直是植物表型研究的重點和難點。這次的報告中，既有探地雷達的應(yīng)用探索，也有新算法的開發(fā)，當然也少不了根系表型的具體應(yīng)用。佛州和Nebraska 的算法都是基于深度學(xué)習(xí)。但是他們沒有不加選擇地CNN完事，而是積極認真地探究了如何更有效地應(yīng)用深度學(xué)習(xí)平臺的能力。他們的成果應(yīng)該是代表著未來植物表型與深度學(xué)習(xí)嵌合的方式與方向。
 

五分鐘閃電演講也是Phenome的傳統(tǒng)，今年的一檔 五分鐘閃電由IOWA STATE的跨學(xué)科博士生們“包場”。這些學(xué)生和其他的演講者們向大家展示了他們獨特的跨學(xué)科，跨領(lǐng)域的知識結(jié)構(gòu)與專長。想想十年前我們組隊時的一將難求，再看看今天的跨專業(yè)的綜合型人才們，不由人不感嘆植物表型學(xué)的發(fā)展之快，也讓人欣慰的看到來日可期。
 

Phenome另的一個好傳統(tǒng)是學(xué)術(shù)界與工業(yè)界的緊密結(jié)合。今年也不例外。除了Bayer 和 Climate Corp 熱情地贊助了會議中的晚宴外，各相關(guān)供應(yīng)商也像往年一樣向與會者展示與植物表型相關(guān)的傳感器、平臺以及數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)。其中Iowa State 湯教授團隊的PhenoBot 3.0 和Purdue大學(xué)的GRYFN氣和般地涵蓋了地面與空中的表型平臺的需要。湯教授的 PhenoBot 3.0薈萃了機器人與傳感器發(fā)展的精華。很期待看到  PhenoBot 3.0在更多場景中的應(yīng)用。
 

所謂天下無不散的宴席。歷經(jīng)四個沙漠中的春天后，我們在大會的最后一天獲悉明年ASPB不再主辦Phenome。好在NAPPN 和IPPN 的發(fā)展都很健康、活躍。相信明年會有不同形式的盛會。讓我們一起期待！
 

楊揚，博士，普渡大學(xué)植物表型中心主任。

楊揚博士在華中農(nóng)業(yè)大學(xué)獲得農(nóng)業(yè)工程專業(yè)本科和碩士學(xué)位，在俄亥俄州立大學(xué)獲得生物系統(tǒng)工程專業(yè)博士學(xué)位，并在普渡大學(xué)進行了控制環(huán)境（下）農(nóng)業(yè)研究的博士后工作。他在植物傳感技術(shù)、作物模型、遙感數(shù)據(jù)分析工具、控制環(huán)境下的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等領(lǐng)域有超過15年的工作經(jīng)驗。他同時擁有在公立研究單位和私營企業(yè)的工作經(jīng)驗，例如他在美國農(nóng)業(yè)部研究院（USDA/ARS）曾任職研究工程師從事作物模型工作，在陶氏（現(xiàn)在的科迪華）曾任職高級研究科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)建設(shè)了田間和溫室植物表型平臺，并協(xié)助陶氏進行數(shù)字農(nóng)業(yè)的研發(fā)工作。
 

目前，楊揚博士任職普渡大學(xué)植物表型中心主任，負責(zé)包括印第安納玉米和大豆創(chuàng)新中心（ Indiana Corn and Soybean Innovation Center，ICSC）、控制環(huán)境表型設(shè)施（Controlled Environment Phenotyping Facility，CEPF）在內(nèi)的表型平臺的建設(shè)和運營，并協(xié)調(diào)各種和高通量植物表型相關(guān)的研究工作。

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