935K滿滿芯意
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項(xiàng)目周期:DNA質(zhì)控合格后標(biāo)準(zhǔn)生信分析結(jié)果發(fā)送,10個(gè)工作日;
交付結(jié)果:標(biāo)準(zhǔn)生信分析報(bào)告和原始數(shù)據(jù);
DNA要求:常規(guī)DNA總量≥1ug,濃度≥50ng/μl,OD260/280 在1.8左右;不得有其它個(gè)體或其它物種的DNA或RNA污染;溶解在H20或TE (pH 8.0),特殊樣本視具體情況實(shí)驗(yàn)。
活動(dòng)時(shí)間:2024年2月18日至5月31日
活動(dòng)說(shuō)明:1.活動(dòng)時(shí)間為合同簽訂時(shí)間;2.單次送樣數(shù)目為8的倍數(shù);3.活動(dòng)最終解釋權(quán)歸伯豪生物所有。
▪全面的基因組覆蓋范圍:檢測(cè)> 935,000個(gè)CpG位點(diǎn),全面覆蓋CpG島、啟動(dòng)子、編碼區(qū)及增強(qiáng)子。
▪探針位點(diǎn)的全面優(yōu)化:在EPICv1.0-850K的基礎(chǔ)上去除了性能不佳的探針,新增186,000個(gè)CpG靶向增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子、更多CTCF結(jié)合位點(diǎn)、CNV檢測(cè)區(qū)域、EPIC v1.0覆蓋不足的CpG島以及常見(jiàn)癌癥驅(qū)動(dòng)突變。
▪兼容多種樣本類型:包括FFPE、新鮮/冷凍組織、全血、口腔細(xì)胞、cfDNA、唾液和其他樣本類型。
▪高質(zhì)量的數(shù)據(jù):沿用了450K芯片的Infinium技術(shù),同時(shí)采用Infinium I及II探針設(shè)計(jì),使檢測(cè)范圍最大化。
▪分辨率高:單堿基分辨率,可以直接檢測(cè)到發(fā)生甲基化的準(zhǔn)確位點(diǎn)。
▪可重復(fù)性高:自身技術(shù)重復(fù)間的相關(guān)性以及與850K相同探針間的相關(guān)性R2>0.99。
▪注釋信息:人參考基因組版本更新到hg38,GenCode數(shù)據(jù)庫(kù)更新到v41版本。
935K與850K芯片數(shù)據(jù)相關(guān)性
935K甲基化芯片檢測(cè)能夠檢測(cè)到0.2的beta值差異,假陽(yáng)性率低于1%,從而實(shí)現(xiàn)了較高的分析靈敏度,同時(shí)也具有極好的數(shù)據(jù)可重現(xiàn)性。如下圖(A)935K芯片技術(shù)重復(fù)相關(guān)性R2>0.99;(B)935K芯片和850K的交集探針間的相關(guān)性R2>0.99;(C)935K芯片數(shù)據(jù)與甲基化測(cè)序(100×測(cè)序深度)的相關(guān)性R2>96%。
935K芯片實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)展示
嚴(yán)格按照Illumina Infinium® MethylationEPICv2 BeadChip(簡(jiǎn)稱935K)操作手冊(cè)完成DNA抽提、轉(zhuǎn)化、擴(kuò)增、雜交洗脫等,質(zhì)控結(jié)果說(shuō)明雜交實(shí)驗(yàn)過(guò)程穩(wěn)定、轉(zhuǎn)化率高、熒光信號(hào)和結(jié)合狀況良好,綜合說(shuō)明實(shí)驗(yàn)操作穩(wěn)定,可以進(jìn)一步做甲基化的數(shù)據(jù)分析。
關(guān)于伯豪生物
伯豪生物已累計(jì)為客戶完成千余例表觀遺傳科研服務(wù)項(xiàng)目,涉及組織、細(xì)胞、全血、FFPE、唾液、ctDNA等各種實(shí)驗(yàn)樣本數(shù)萬(wàn)例,涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個(gè)領(lǐng)域,伯豪生物客戶使用甲基化芯片、甲基化捕獲測(cè)序(MC-seq)、全基因組甲基化測(cè)序(WGBS)、m6A-seq和焦磷酸測(cè)序等甲基化研究技術(shù)分別在Theranostics、ACS Nano、Front Cell Dev Biol.、PNAS、Ann Rheum Di等期刊發(fā)表論文。