第三期SBC單細胞轉(zhuǎn)錄組測序與生信分析培訓通知

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序和空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)正處于蓬勃發(fā)展期，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域為科學研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠提供每個細胞詳實的轉(zhuǎn)錄表達信息，但是缺失來源組織的空間組成信息�？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot信息無法達到單細胞分辨率（10個左右細胞）。因此，兩個技術(shù)的結(jié)合應用是必然的發(fā)展趨勢。
 
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）（以下簡稱SBC）是國內(nèi)最早一批搭建10x Genomics單細胞測序平臺及開發(fā)完善空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)并開展相關(guān)技術(shù)服務的公司之一。作為生物芯片上海國家工程研究中心的依托單位，在搭建先進技術(shù)平臺的同時，融入再次創(chuàng)新開發(fā)和應用，目前已為復旦大學、上海交通大學、同濟大學、上海中醫(yī)藥大學、中國科技大學、華東理工大學以及瑞金醫(yī)院、華山醫(yī)院、仁濟醫(yī)院、東方醫(yī)院、第十人民醫(yī)院、長征醫(yī)院、胸科醫(yī)院、肺科醫(yī)院等多家知名院校單位提供單細胞測序及空間測序技術(shù)服務，積累了豐富的單細胞懸液制備和空間組織優(yōu)化實驗經(jīng)驗，包括較難處理的滑膜、軟骨、肝癌、人淋巴結(jié)等，同樣也積累了豐富的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗。
 
結(jié)合去年兩期“單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組測序培訓班”學員的反饋和建議，本次第三期培訓的生信分析內(nèi)容將更加豐富，具體參見課程表。誠摯邀請各位老師報名參加，培訓為小班制（限額20人，以匯款憑證為準，報滿截止）。
 
主辦單位：
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）
上海市生物化學與分子生物學學會
培訓日期：2021年6月4日-5日
培訓地點：上海市浦東新區(qū)張江高科李冰路151號1號樓
 
課程安排：

日期	時間	題目	主要內(nèi)容
6月4日 第一天	09:00-09:20	簽到、領(lǐng)取資料
	09:20-09:30	開課致辭
	09:30-10:30	單細胞測序及單細胞多組學研究策略及前沿進展	單細胞測序技術(shù)的發(fā)展； 10x Genomic單細胞測序原理； 樣本準備注意事項及前沿應用介紹
	10:30-11:30	空間轉(zhuǎn)錄組測序研究進展及注意事項	空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)進展； 10x空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺介紹； 空間轉(zhuǎn)錄組測序樣本準備注意事項； 空間轉(zhuǎn)錄組應用介紹
	11:30-12:30	午 餐
	13:00-13:45	R語言基礎(chǔ)	基本概念：向量、數(shù)組和矩陣、函數(shù)； 數(shù)據(jù)導入、編輯、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換； 文件圖表生成、導出
	13:45-14:30	R語言進階	統(tǒng)計檢驗，差異基因計算
	14:30-15:00	實驗室參觀、茶歇交流
	15:00-16:00	樣本準備及注意事項	單細胞樣本準備及常見問題，Demo實驗 空間轉(zhuǎn)錄組樣本準備及常見問題，Demo實驗
	16:00-17:00	ggplot2作圖詳解	柱狀圖、餅圖、boxplot、小提琴圖、密度曲線圖，散點圖，差異基因可視化（火山圖）等
6月5日 第二天	09:30-10:30	單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機實操	基于cell ranger 、Loupe
	10:30-11:15	單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)多樣本比較分析介紹與上機實操	基于Seurat包
	11:15-11:45	單細胞RNA測序數(shù)據(jù)的聚類工具比較介紹
	11:45-13:00	午 餐
	13:00-14:20	空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機實操	基于space ranger、Loupe
	14:20-15:00	單細胞擬時序分析	1、Monocle的原理算法介紹； 2、高分文章案例數(shù)據(jù)集作圖：擬時序分析等
	15:00-15:10	茶歇交流
	15:10-15:50	scanpy進行單細胞數(shù)據(jù)分析	基于 Python 分析單細胞數(shù)據(jù)：預處理，可視化，聚類，擬時序分析和差異表達分析等
	15:50-16:20	細胞類型注釋	SingleR的分析使用和庫的整理解讀
	16:20-16:30	頒發(fā)培訓證書

費用及優(yōu)惠
1、培訓費用：
兩天培訓課程費用為3800元/人，包含培訓費、資料費、培訓期間午餐費。
產(chǎn)生的其他食宿交通費用等請自理。
2、報名優(yōu)惠：
· 所產(chǎn)生的培訓費用可在后續(xù)訂購SBC服務產(chǎn)品時抵扣等額的合同款項（每份服務合同只能抵扣一人次），有效期至2021年12月31日為止。
· 團體報名（同一單位2人及以上）享受9折優(yōu)惠。
· 上海市生物化學與分子生物學學會會員可享受8折優(yōu)惠（需在報名頁填寫學會會員號）。
3、其他說明
· 以匯款憑證(截圖、掃描件)或?qū)嶋H到款為成功報名
· 學員需自己攜帶筆記本電腦參加上機課程（電腦配置及軟件要求：報名成功后通知）。
· 早晚餐、交通及住宿等其他費用請自理。
 
報名方式：
請掃碼報名，或點擊此處填寫報名信息。本次培訓班限額20名，報名截止日期至2021年5月25日，報滿將提前截止。
 
匯款信息：（匯款時請注明：培訓+姓名）
名稱：上海生物芯片有限公司
開戶行：中國銀行上海浦東分行
賬號：4572 5921 5312
 
交通信息
培訓地點：上海市李冰路151號1號樓
交通線路：地鐵2號線金科路站或張江高科站換乘公交1090路、1113路李冰路愛迪生路站
報名咨詢：
電話：400-100-2131（周一至周五9:00-17:00）；138 1640 6711
郵箱：marketing@shbiochip.com