表觀遺傳之DNA甲基化的原理及檢測(cè)技術(shù)

基因的 "分子印章"：DNA 甲基化的原理與定義
在基因組的 "書寫系統(tǒng)" 中，DNA 甲基化如同一種隱形的 "分子印章"—— 在 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMT）的催化下，S - 腺苷甲硫氨酸（SAM）提供甲基基團(tuán)，將胞嘧啶（C）修飾為 5 - 甲基胞嘧啶（5mC），主要發(fā)生在哺乳動(dòng)物的 CpG 二核苷酸位點(diǎn)（圖 1）。這種修飾不改變 DNA 序列，卻能像 "基因開關(guān)" 般調(diào)控染色質(zhì)構(gòu)象與基因表達(dá)，堪稱表觀遺傳學(xué)的 "基礎(chǔ)語法"。其中哺乳動(dòng)物細(xì)胞中甲基化主要發(fā)生在CG雙核苷酸的胞嘧啶上（Goldberg AD, 2007），植物細(xì)胞中則存在很大比例的non-CG（CHH、CHG，H代表A、C、T）甲基化（Jackson JP, 2002）。

甲基化的 "雙重生活"：維持與重建的分子邏輯
▶ 維持甲基化：遺傳信息的 "復(fù)印機(jī)"
DNA 半保留復(fù)制時(shí)，DNMT1 如同 "遺傳復(fù)印機(jī)"，以母鏈甲基化為模板，在子鏈對(duì)應(yīng)位置添加甲基，準(zhǔn)確率達(dá) 95%。這種 "代代相傳" 的修飾確保了細(xì)胞分化過程中基因表達(dá)模式的穩(wěn)定。

▶ 重新甲基化：基因網(wǎng)絡(luò)的 "重編程師"
當(dāng) DNA 雙鏈未甲基化時(shí)，DNMT3A/3B 作為 "重編程師"，識(shí)別特定染色質(zhì)結(jié)構(gòu)或 RNA 同源序列，啟動(dòng)全新的甲基化標(biāo)記。該過程常與基因沉默形成因果循環(huán) —— 先有基因沉默，后有甲基化 "蓋章確認(rèn)"。

三、甲基化失衡：癌癥發(fā)生的 "隱形推手"
▶ 基因組的 "穩(wěn)定性危機(jī)"
小鼠實(shí)驗(yàn)證實(shí)，甲基轉(zhuǎn)移酶缺失會(huì)導(dǎo)致胚胎發(fā)育停滯；全基因組去甲基化則引發(fā)染色體不穩(wěn)定，為腫瘤發(fā)生埋下隱患。這種 "表觀遺傳不穩(wěn)定" 如同基因組的 "拼寫錯(cuò)誤"，逐漸積累成致癌突變（圖 4）。

▶ 抑癌基因的 "沉默陷阱"
在癌癥早期，抑癌基因啟動(dòng)子區(qū)的 CpG 島常被異常甲基化 "封印"。例如 Rb 基因啟動(dòng)子高甲基化，會(huì)使其失去調(diào)控細(xì)胞周期的功能，成為癌癥發(fā)生的 "第一塊多米諾骨牌"。

檢測(cè)技術(shù)：解碼甲基化的 "分子偵探工具"

• 限制性酶切法：甲基化的 "剪刀測(cè)試"

利用甲基化敏感酶（如 HpaII）對(duì)甲基化位點(diǎn)不切割的特性，通過片段大小分析判斷甲基化狀態(tài)，如同用 "分子剪刀" 測(cè)試 DNA 的修飾狀態(tài)。

• 亞硫酸鹽測(cè)序：DNA 的 "化學(xué)顯影術(shù)"

亞硫酸鹽處理使未甲基化 C 轉(zhuǎn)變?yōu)?U，而 5mC 保持不變，經(jīng)測(cè)序?qū)Ρ燃纯衫L制甲基化圖譜。全基因組甲基化測(cè)序（WGBS）便是基于這一原理，堪稱甲基化檢測(cè)的 "黃金標(biāo)準(zhǔn)"。

• 親和富集法：甲基化的 "磁選技術(shù)"

MeDIP 利用 5mC 特異性抗體 "釣取" 甲基化片段，MBDCap 則通過甲基結(jié)合蛋白富集高 CpG 密度的甲基化區(qū)域，如同用 "分子磁鐵" 分離目標(biāo) DNA。

• 新技術(shù)：Avida 甲基化

近年來 安捷倫通過收購整合了Avida甲基化測(cè)序技術(shù)。 使用專用3D 傘型探針 進(jìn)行甲基化捕獲，大大提高了甲基化序列的回收率。使用該技術(shù)更有利于檢測(cè)低起始量樣本例如cfDNA，同時(shí)減少了檢測(cè)時(shí)間，能實(shí)現(xiàn)高靈敏度檢測(cè)。  

甲基化研究的 "工具箱"：重要數(shù)據(jù)庫盤點(diǎn)
▶ DNAmod：修飾信息的 "百科全書"
收錄 DNA 修飾的測(cè)序方法、自然分布及命名規(guī)則，幫助研究者快速檢索甲基化相關(guān)知識(shí)。

▶ SEanalysis：超級(jí)增強(qiáng)子的 "導(dǎo)航系統(tǒng)"
整合 540 + 種細(xì)胞 / 組織的超級(jí)增強(qiáng)子（SE）數(shù)據(jù)，構(gòu)建 TF-SE - 基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，支持可視化分析。

從胚胎發(fā)育到腫瘤發(fā)生，DNA 甲基化如同基因組的 "分子指紋"，記錄著基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)歷史。盡管 WGBS 等技術(shù)已能繪制精細(xì)的甲基化圖譜，但它與 lncRNA、組蛋白修飾等調(diào)控因子的協(xié)同作用，仍如同 "基因表達(dá)交響樂" 中未完全破譯的樂章。正如研究者所言：每一個(gè)甲基化位點(diǎn)都是打開表觀遺傳黑箱的鑰匙，而我們才剛剛開始收集這些鑰匙。

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