講座：學會使用Mascot進行TopDown蛋白質數(shù)據(jù)分析

講座背景：

蛋白質質譜法是指使用質譜法對蛋白質進行研究和表征，包括蛋白質的定量、分析、相互作用作圖和翻譯后修飾的鑒定。蛋白質質譜法也可以稱為基于質譜的蛋白質組學。基于質譜的蛋白質組學包括三種方法：自上而下（top-down，TD）、自中而下（middle-down，MD）和自下而上（bottom-up，BU）的蛋白質組學：

Mascot是一個基于HTTP網(wǎng)絡服務的平臺，支持用戶從本地或在線提交任意數(shù)量的譜圖進行搜庫鑒定和定量分析。其由Server、Distiller與Daemon 組成，其中Server負責執(zhí)行核心搜索、Distiller負責峰提取與定量分析，而Daemon作為操作平臺，整合前兩個板塊，以便更高效地進行批量處理。

（來源于：https://www.rapidnovor.com/what-is-protein-mass-spectrometry/）

本次講座聚焦于TD蛋白質組學的數(shù)據(jù)分析。TD技術以完整蛋白質為對象，"上"指準確測定分子質量，"下"通過串聯(lián)質譜實現(xiàn)碎裂。TD法產(chǎn)生的質譜數(shù)據(jù)復雜，包含高電荷、大質量離子碎片，碎片重疊增加，修飾位點更多，不同修飾組合導致蛋白質變體預測增多。相較于BU肽段的數(shù)據(jù)處理，完整蛋白質的譜圖更為復雜，數(shù)據(jù)處理更具挑戰(zhàn)。

（來源于SUN Rui-Xiang, LUO Lan, CHI Hao, LIU Chao, HE Si-Min. Top-down Proteomics:The Large-scale Proteoform Identification[J]. Progress in Biochemistry and Biophysics, 2015, 42(2): 101-114）

Mascot的特殊版本"Mascot Top Down"限制在110kDa，自動用于母離子質量大于16kDa的搜索，小于16kDa的自下而上搜索不受影響�？店攀⑹荕ascot在中國的獨家代理與技術支持機構，本期康昱盛將分享Top-Down蛋白質組學數(shù)據(jù)策略，包括數(shù)據(jù)上傳、峰提取參數(shù)、搜索參數(shù)設置和結果導出，助您熟練運用Mascot軟件解決Top-Down蛋白質組學挑戰(zhàn)。

講座時間：

1月24日（周三）14：30-15：20

講座詳情：

上期講座《一節(jié)課讓你學會使用Mascot進行基礎蛋白質定量分析》已經(jīng)同步上傳至康昱盛同名B站以及視頻號。

此外，我們計劃在2月中下旬舉辦第四次Mascot培訓，重點介紹如何聯(lián)用Mascot-Scaffold系列軟件進行蛋白質數(shù)據(jù)質控分析。感興趣的朋友們，請持續(xù)關注康昱盛官方公眾號獲取更多信息！

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