提供基因芯片數(shù)據(jù)生物信息學(xué)富集分析服務(wù)

基因芯片信息學(xué)服務(wù)

芯片和生物信息學(xué)分析

生物信息學(xué)分析                                                                                                 

一.   基因芯片結(jié)果分析

        1.   差異表達(dá)基因分析

             基因芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化、上調(diào)基因/下調(diào)基因、t-檢驗(yàn)（P值）、方差分析（F-檢驗(yàn)）、基因聚類(lèi)（Cluster）、熱圖（Heatmap）、多樣本分子標(biāo)志物聚類(lèi)（如腫瘤分子標(biāo)志物聚類(lèi)分析）。可分析mRNA表達(dá)譜、miRNA表達(dá)譜和甲基化基因芯片數(shù)據(jù)表達(dá)譜差異。（結(jié)果形式：分析表格、紅綠熱圖、Cluster分類(lèi)樹(shù)）

        2.  基因數(shù)據(jù)相關(guān)性分析

             分析內(nèi)容：基因芯片數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和分析（結(jié)果形式：相關(guān)性分析結(jié)果表格）

        3.  GO分析（Gene Ontology）

           分析內(nèi)容：包含基因芯片內(nèi)所有差異表達(dá)基因的GO功能注釋?zhuān)ńY(jié)果形式：注釋表格）和GO功能富集分析圖（結(jié)果形式：熱圖Heatmap和聚類(lèi)Cluster）。

       4.  Pathway分析

            分析內(nèi)容：所有差異基因相關(guān)的KEGG代謝通路、BioCarta或細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路（Signal Pathway）（結(jié)果形式：pathway表格)、Pathway富集分析圖（結(jié)果形式：熱圖Heatmap/聚類(lèi)Cluster ，富集參數(shù)表格）

      5.  miRNA靶點(diǎn)基因預(yù)測(cè)

           分析內(nèi)容：預(yù)測(cè)差異表達(dá)miRNA的靶點(diǎn)基因、KEGG pathway （結(jié)果形式：注釋表格）  

       6.   甲基化位點(diǎn)分析

            分析內(nèi)容：甲基化位點(diǎn)分布，高甲基化/低甲基化位點(diǎn)分布（結(jié)果形式：餅圖或柱圖）

        7.  SNP位點(diǎn)分析

            分析內(nèi)容：分析某一細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路機(jī)制或某一疾病相關(guān)的主要SNP位點(diǎn)。（結(jié)果形式：分析表格）

二.   基因組測(cè)序序列分析

        1.  全基因組序列功能注釋

         分析內(nèi)容：預(yù)測(cè)基因組編碼區(qū)ORF（CDS）、tRNA、rRNA的起始位點(diǎn)和終止位點(diǎn)和長(zhǎng)度，并注釋基因功能。（結(jié)果形式：分析表格）

         2.   全基因組序列拼接

         分析內(nèi)容： 將短的測(cè)序序列拼接成一個(gè)完整的基因組fasta序列文件。（結(jié)果形式：fasta序列文件）

          3.  全基因序列功能聚類(lèi)

           分析內(nèi)容： 將基因組所有基因序列進(jìn)行功能分類(lèi) （結(jié)果形式： 餅圖，功能分類(lèi)層次表）

          4. 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)/物種進(jìn)化樹(shù)/分子進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建

              分析內(nèi)容：通過(guò)ClustalW進(jìn)行多基因組序列比對(duì)，構(gòu)建不同物種之間的進(jìn)化樹(shù)。（結(jié)果形式：進(jìn)化樹(shù)圖，模式可選）

          5.  不同基因組序列KEGG代謝通路分析

               分析內(nèi)容：預(yù)測(cè)基因組基因的KEGG代謝途徑。（結(jié)果形式：KEGG圖譜）

         6.  全基因組CDS編碼區(qū)分布圖（circos圈圖）

              分析內(nèi)容：繪制全基因組基因分布、tRNA分布和rRNA分布圖。（結(jié)果形式：circos圈圖）

         7.  多基因組GO功能差異分析

              分析內(nèi)容：繪制不同物種的基因組GO功能差異圖。（結(jié)果形式：柱圖）

        8.  共線性分析

        9.  SNP位點(diǎn)連鎖不平衡分析

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