通過分子標記可以從遺傳學的角度對育種材料進行深度的分析、挖掘和了解。利用大量SNP標記對育種材料進行遺傳分析后，我們會產(chǎn)生一份完整的分析報告，內容包括但不限于：遺傳多樣性分析，自交系間的對比分析，雜種優(yōu)勢群的劃分，以及結合田間表型數(shù)據(jù)提出如何來測配這些自交系的建議等。
1）遺傳多樣性分析、自交系之間的對比分析
遺傳多樣性指材料之間遺傳物質上的差異的總和，越廣泛的遺傳多樣性，表示著材料群體中的基因資源越豐富，越有可能選出優(yōu)異品種。
自交系作為育種的起始材料，擁有穩(wěn)定遺傳的基因信息。結合已知基因功能研究結果，材料的SNP分析結果可以顯示出該材料最真實的特性表現(xiàn)。
利用分子標記來劃分雜種優(yōu)勢群
2）雜種優(yōu)勢群的劃分
在玉米育種過程中，雜種優(yōu)勢群是組配雜交組合進行交互輪回選擇需要遵循的最重要原理之一。
利用分子標記來劃分雜種優(yōu)勢群
圖中的每一條線代表一份育種材料，紅色的線代表來自雜種優(yōu)勢群I，黑色的線代表來自雜種優(yōu)勢群II，而藍色的線是兩個群體的混合體，材料之間分支越遠表示遺傳距離越大，組配后代的雜種優(yōu)勢越強。
3）自交系的測配方向預測、雜交組合的預測
準確的雜種優(yōu)勢群劃分，將有效引導育種群體的構建和雜交品種的組配。若選育雜交種，就要從不同的雜種優(yōu)勢群中選擇親本，比如玉米品種先玉335的兩個親本就來自不同的雜種優(yōu)勢群。如果以組建育種群體、從中選育新的自交系為目的，在群內進行雜交組合配對就是最有效的模式。
以下圖為例，F(xiàn)2群體誘導得來的雙單倍體系中，只有兩側極少量材料分屬于不同的育種群體，遺傳差異大，這兩組材料之間的組合更能選出好品種。而通過分子標記檢測，我們能夠更快更好的分出兩個育種群體的材料。
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中玉金標記（北京）生物技術股份有限公司注冊成立于2013年9月2日。注冊地為北京市昌平區(qū)生命園路29號一幢一層A103，注冊資金2億元人民幣。公司是在國家農(nóng)業(yè)部指導下，由北大荒墾豐種業(yè)股份有限公司、中玉科企（北京）種業(yè)技術有限公司、遼寧東亞種業(yè)有限公司、河南金博士種業(yè)股份有限公司、齊齊哈爾富爾農(nóng)藝有限公司、北京德農(nóng)種業(yè)有限公司、河南秋樂種業(yè)科技股份有限公司、大民種業(yè)股份有限公司、北京屯玉種業(yè)有限責任公司九家較有影響力的種業(yè)企業(yè)共同持股構成。
以“為中國種業(yè)創(chuàng)造無限動力”為使命，中玉金標記致力于打造中國領先、世界一流的種業(yè)科技轉化、創(chuàng)新和服務中心。我們既不是科研單位，也不是種子公司；而是介于兩者之間的技術橋梁和紐帶，把中國的甚至全球的先進生物技術通過我們的技術轉化和聚合變成強大而有效的育種技術，為中國種業(yè)創(chuàng)造無限動力。
我們擁有較為雄厚的資本基礎、國際一流的科學家團隊以及由九家業(yè)內知名企業(yè)共同創(chuàng)造的產(chǎn)業(yè)鏈平臺。集分子育種技術中心、種質資源創(chuàng)新中心、品種大田試驗和評價中心、種子質量檢測和監(jiān)督中心、生物信息管理和服務中心等諸多行業(yè)平臺一身，建立起一套成熟的、綜合的、高通量的科技服務體系，成為中國種業(yè)的公共研發(fā)中心。公司具備較強的科技創(chuàng)新和科技服務能力，在近期內有望開發(fā)出一批具有獨立知識產(chǎn)權的新基因、新標記、新QTL及商業(yè)化使用價值的DH系、綜合性的生物信息數(shù)據(jù)庫和全面的商業(yè)化服務體系。主要從事與農(nóng)作物育種相關的技術開發(fā)、技術推廣、技術轉讓、技術咨詢、技術服務、和技術培訓。
在管理上，中玉金標記采用現(xiàn)代企業(yè)管理制度,在股東大會和董事會的指導下,由高級職業(yè)經(jīng)理人組成的管理團隊來領導和運營公司,以多家企業(yè)聯(lián)合辦科研的形式，完善“產(chǎn)、學、研”相結合的商業(yè)模式，從而實現(xiàn)高效的科企聯(lián)合，搭建起農(nóng)業(yè)基礎研究與高效商業(yè)化育種之間的橋梁，實現(xiàn)科學技術的有效產(chǎn)業(yè)化，并承擔起幫助提高中國種業(yè)研發(fā)能力與產(chǎn)品開發(fā)核心競爭力的重大使命。
2014年公司已完成3890平方米的實驗室和辦公室建設工作，并自己出資5500萬元已初步建立起一個我國最先進、通量最高的分子標記實驗室。中玉金標記還與中國農(nóng)業(yè)大學國家玉米改良中心、中國農(nóng)科院作物所建立了戰(zhàn)略合作伙伴關系，與部分國際生物技術公司也建立了長期合作關系。從這些高層次的戰(zhàn)略合作中我們已經(jīng)得到了一系列的基因芯片，可用于多種農(nóng)作物的分子標記輔助育種、全基因組的基因型檢測等。該實驗室的建立為幫助我國的種業(yè)公司和育種單位利用基因組學的最新研究成果來有效地提高育種效率和精確性提供了基礎。
技術服務內容:
分子育種技術服務中心：
大規(guī)模高通量的SNP標記分析平臺
全基因組的SNP基因型分析
品種和育種材料的真實性鑒定、IP保護、種子質量檢測
GBS
分子育種的相關技術服務
QTL及基因的發(fā)掘定位
育種材料的分析、分類、評價、利用
育種群體的構建及后代選擇
分子標記輔助選擇（MAS）
預測雜交組合的表現(xiàn)
生物信息管理和服務中心：
生物農(nóng)業(yè)信息數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，數(shù)據(jù)庫平臺建設
生物高通量數(shù)據(jù)分析及數(shù)據(jù)挖掘
分子標記功能研究及基因組學分析
Bio-IT全面解決方案，如實驗室數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，云計算等
種質資源創(chuàng)新中心：
建立大規(guī)模高通量的DH系生產(chǎn)系統(tǒng)
在5年內建立一個能年產(chǎn)5-10萬個DH系的生產(chǎn)系統(tǒng)
利用DH技術來建設中國第一個基礎種子公司
DH系的生產(chǎn)、評價（包括大田和分子評價）、轉讓、銷售
品種大田試驗和評價中心：
與九家股東聯(lián)合在全國建立一個大約500個試驗點的測試網(wǎng)絡
為品種的評價、定位、審定提供客觀準確的大田數(shù)據(jù)
