合成簡(jiǎn)介
目前引物合成基本采用固相亞磷酰胺三酯法。DNA合成儀有很多種, 主要是由ABI/PE 公司生產(chǎn)。合成的原理基本相同,主要差別在于合成產(chǎn)率的高低、試劑消耗量和單個(gè)循環(huán)用時(shí)的不同。信利來(lái)公司采用的合成儀主要機(jī)型為ABI394長(zhǎng)鏈合成儀和美國(guó)biosearch公司產(chǎn)的板式高通量192道合成儀。
亞磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速偶聯(lián)以及起始反應(yīng)物比較穩(wěn)定的特點(diǎn)。該方法是在固相載體上完成DNA鏈的合成的,合成的方向是沿待合成引物的3‘端向5‘端合成,相鄰的核苷酸通過(guò)3‘→5‘磷酸二酯鍵連接。
第一步,三氯乙酸和預(yù)先連接在固相載體(CPG)上的核苷酸反應(yīng)(其活性基團(tuán)處于被保護(hù)狀態(tài)),脫去核苷酸5‘-羥基的保護(hù)基團(tuán)DMT,獲得游離的5‘-羥基;
第二步,合成DNA的原料(亞磷酰胺保護(hù)的核苷酸單體)與活化劑四氮唑混合,得到核苷亞磷酸活化中間體,它的3‘端被活化,5‘-羥基仍然被DMT保護(hù),與溶液中游離的5‘-羥基發(fā)生縮合反應(yīng);
第三步,帶帽(capping)反應(yīng),縮合反應(yīng)中可能有極少數(shù)5‘-羥基沒(méi)有參加反應(yīng)(少于2%),用乙酸酐和1-甲基咪唑終止其后繼續(xù)發(fā)生反應(yīng),這種短片段可以在純化時(shí)分離掉;
第四步,在氧化劑碘的作用下,亞磷酰形式轉(zhuǎn)變?yōu)楦(wěn)定的磷酸三酯。
經(jīng)過(guò)以上四個(gè)步驟,一個(gè)脫氧核苷酸被連接到固相載體的核苷酸上。再以三氯乙酸脫去它的5‘-羥基上的保護(hù)基團(tuán)DMT,重復(fù)以上步驟,直到所有要求合成的堿基被接上去。合成過(guò)程中可以觀察TCA處理階段的顏色判定合成效率。 通過(guò)氨水高溫處理,連接在CPG上的引物被切下來(lái),通過(guò)OPC, PAGE等手段純化引物,成品引物用C18濃縮、脫鹽,測(cè)定OD260定量。
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