通過PCR反應(yīng)程序優(yōu)化對反應(yīng)時長進行極致壓縮

“激水之疾，至于漂石者，勢也”——《孫子兵法》。說只要速度足夠快，石頭就能漂在水面。上個月我們聊了一下降低退火變溫速率（PCR反應(yīng)程序優(yōu)化之緩）對PCR結(jié)果的優(yōu)化，今天換個方向，聊聊如何把PCR反應(yīng)時長進行極致壓縮。

在聊壓縮時長之前，需先對試管（Tube）/模塊(Block)控溫；普通/快速模式幾個概念進行簡介。下面以柏恒Q9606為圖例進行說明。

圖1

模塊控溫：反應(yīng)升降溫時，以模塊的實時溫度為準。
試管控溫：反應(yīng)升降溫時，以反應(yīng)管內(nèi)試劑的實時溫度為準。

圖2

圖3

實驗編輯完成后，點擊運行按鈕會彈出提示框（如圖2），選擇快速模式還是普通模式。

以圖3程序為例說明：
快速模式：儀器運行的升降溫速率為8℃/s，標示升降溫速率的全額運行實驗。
普通模式：儀器運行的升降溫速率為4℃/s，標示升降溫速率的半額運行實驗。

不同的應(yīng)用場景選擇不同的反應(yīng)模式組合，下面來分享一下如何調(diào)試快速試劑的反應(yīng)程序。

首先，儀器運行設(shè)置選擇快速模式+模塊控溫的組合將反應(yīng)時長進行極致壓縮。其次，在總時長不變的前提下合理分配循環(huán)段變性與退火延伸的時長。最后，在其次篩選出可用反應(yīng)程序的基礎(chǔ)上進行微調(diào)，再一次縮短反應(yīng)段的時長或在總時長允許的條件下適當延長反應(yīng)段的時長以達到最優(yōu)的反應(yīng)效果。

因為快速試劑所用的擴增酶相較于普通試劑的酶來說有著更為快速的延伸速度，所以在設(shè)置退火延伸段反應(yīng)時長時可以進行大幅度的壓縮。在壓縮變性反應(yīng)時長時須注意，因為選用的是模塊控溫，如果變性時長過短會造成試劑的實際溫度不足95℃或95℃維持時長不夠而造成模板的解雙鏈不充分進而影響信號的積累，所以變性反應(yīng)段的時長不宜過度極端。

柏恒Q9600系列可提供最快8℃/sec的升降溫速率，且具備等溫差梯度功能（如圖4），滿足常規(guī)試劑開發(fā)、檢測的同時也為快速試劑提供了一個很好的反應(yīng)平臺。

圖4