DAP-seq技術(shù)服務(wù)常見問題解答：從樣本準(zhǔn)備到數(shù)據(jù)分析
想做DAP-seq實驗，卻滿腦子疑問？別擔(dān)心，這篇攻略為你一次性解答所有關(guān)鍵問題，助你輕松開啟實驗之旅！
一、DAP-seq是什么？能幫我解決啥問題？
DAP-seq技術(shù)的核心原理
先在體外表達(dá)帶有特定標(biāo)簽（如His、Halo標(biāo)簽）的目的蛋白，讓其與標(biāo)簽配體結(jié)合后，再與基因組DNA共同孵育，最后洗脫結(jié)合的DNA片段進行高通量測序和生物信息分析。
核心優(yōu)勢
它能幫你快速鎖定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，找到其調(diào)控的下游靶基因。更給力的是，這項技術(shù)無需特異性抗體，無需轉(zhuǎn)基因材料，即可揭示轉(zhuǎn)錄因子與DNA的互作網(wǎng)絡(luò)，如今已成為植物學(xué)、微生物學(xué)等領(lǐng)域解析基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵技術(shù)手段。
一、DAP-seq是什么？能幫我解決啥問題？
DAP-seq技術(shù)的核心原理
先在體外表達(dá)帶有特定標(biāo)簽（如His、Halo標(biāo)簽）的目的蛋白，讓其與標(biāo)簽配體結(jié)合后，再與基因組DNA共同孵育，最后洗脫結(jié)合的DNA片段進行高通量測序和生物信息分析。
核心優(yōu)勢
它能幫你快速鎖定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，找到其調(diào)控的下游靶基因。更給力的是，這項技術(shù)無需特異性抗體，無需轉(zhuǎn)基因材料，即可揭示轉(zhuǎn)錄因子與DNA的互作網(wǎng)絡(luò)，如今已成為植物學(xué)、微生物學(xué)等領(lǐng)域解析基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵技術(shù)手段。
藍(lán)景科信DAP-seq技術(shù)流程
二、實驗前，我需要準(zhǔn)備哪些材料？
（1）樣本材料
- 組織材料：植物組織5g、動物組織2g、微生物2g；或提取好的基因組DNA 10μg（可根據(jù)DNA提取效率適當(dāng)調(diào)整樣本量）。
-含有轉(zhuǎn)錄因子CDS序列的質(zhì)粒：需附帶測序無誤的報告（序列準(zhǔn)確性至關(guān)重要，否則會嚴(yán)重影響實驗周期）。
（2）組織部位如何選�。�
若蛋白表達(dá)有組織或時空特異性，優(yōu)先選擇對應(yīng)時期的組織——因為我們常規(guī)DAP-seq流程采用PCR-free建庫的方式，盡可能保留DNA修飾，而這些修飾可能影響蛋白與DNA的結(jié)合。
我們已完成3000+項目，植物的根、莖、葉、果實、種子等組織均有成功提取經(jīng)驗。若提取失敗，可更換易提取的組織重試。此外，還可提供去除DNA修飾的ampDAP-seq流程。
（3）參考基因組用什么版本？
參考基因組建議優(yōu)先選擇您日常分析中常用的版本，如果后續(xù)需要將DAP-seq數(shù)據(jù)與其他實驗數(shù)據(jù)（如RNA-seq、ATAC-seq等）進行聯(lián)合分析，請務(wù)必保證所有數(shù)據(jù)使用相同版本的參考基因組，這樣才能確保分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和一致性。
三、測序量和重復(fù)怎么定？
（1）測序量：
- 常規(guī)推薦：基因組的3X-5X。
- 需增加測序量的情況：
- 物種與參考基因組匹配度低，導(dǎo)致比對率低。
- 根部組織微生物含量高，可能降低比對率。
（2）重復(fù)設(shè)置：
我們的標(biāo)準(zhǔn)流程包含一個input對照和兩個技術(shù)重復(fù)，無需額外設(shè)置重復(fù)，可滿足文章發(fā)表需求（目前合作項目已發(fā)表于多個層次期刊）。
小知識：input對照是什么？
Input對照是親和純化前的文庫，即基因組DNA文庫，作用是在分析時降低背景噪音。
四、特殊情況說明
（1）哪些樣品不能做？
- 無參考基因組的物種。
- 轉(zhuǎn)錄因子無法在體外表達(dá)的情況。
除上述兩種，我們會提供可行性分析報告供參考。
（2）為什么有些基因家族成功率低？
部分轉(zhuǎn)錄因子需要和其他蛋白形成復(fù)合體才能與DNA結(jié)合，這些蛋白的實驗風(fēng)險比較高。
五、分析結(jié)果包含哪些內(nèi)容？
藍(lán)景科信DAP-seq的生信分析包含以下內(nèi)容：
1. 原始數(shù)據(jù)處理（去接頭、污染序列及低質(zhì)量reads）
2. 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
3. 參考序列比對分析
4. 測序reads富集區(qū)域掃描（peak calling）
5. Peak在基因功能元件上的分布統(tǒng)計
6. Peak序列模式發(fā)掘（motif search）
7. 已知motif注釋
8. Peak相關(guān)基因鑒定
9. Peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析
10. 測序數(shù)據(jù)的可視化分析
六、DAP-seq、ChIP-seq、Cut&Tag怎么選？
選擇建議：
對于ChIP實驗，需要足夠多的蛋白，為此常常將該TF過表達(dá)，然后在特定組織部位獲得該蛋白，同時需要特異性的抗體，這兩點關(guān)系到實驗的成功與否。Cut&Tag相比ChIP-seq的優(yōu)勢是樣本投入量少，信噪比高，但是同樣需要抗體，而且對樣本的活性狀態(tài)要求很高，不兼容長期凍存樣本。如果您已有轉(zhuǎn)基因材料，且有ChIP級別抗體的話，ChIP實驗還是值得嘗試的，畢竟能夠拿到體內(nèi)結(jié)果，若難以滿足上述條件，且時間、經(jīng)費有限，建議您優(yōu)先考慮DAP-seq實驗。
七、結(jié)果如何驗證？
拿到結(jié)果之后需要挑選您感興趣的靶基因，之后就要開始驗證環(huán)節(jié)，文獻中常用的驗證實驗方法包括：ChIP-qPCR、酵母單雜交、EMSA、雙熒光素酶報告實驗，我們可提供相關(guān)技術(shù)支持。
八、有哪些成功案例？
藍(lán)景科信已完成200+物種，3000+轉(zhuǎn)錄因子的實驗，周期短，口碑好，助力客戶發(fā)表高分文章Cell，Molecular Plant，Plant Biotechnology Journal，Plant Cell，PNAS，Plant Communications，Journal of Integrative Plant Biology，New Phytologist，International Journal of Biological Macromolecules，Horticulture Research，Plant Physiology等。
已做物種：
對于ChIP實驗，需要足夠多的蛋白，為此常常將該TF過表達(dá)，然后在特定組織部位獲得該蛋白，同時需要特異性的抗體，這兩點關(guān)系到實驗的成功與否。Cut&Tag相比ChIP-seq的優(yōu)勢是樣本投入量少，信噪比高，但是同樣需要抗體，而且對樣本的活性狀態(tài)要求很高，不兼容長期凍存樣本。如果您已有轉(zhuǎn)基因材料，且有ChIP級別抗體的話，ChIP實驗還是值得嘗試的，畢竟能夠拿到體內(nèi)結(jié)果，若難以滿足上述條件，且時間、經(jīng)費有限，建議您優(yōu)先考慮DAP-seq實驗。
七、結(jié)果如何驗證？
拿到結(jié)果之后需要挑選您感興趣的靶基因，之后就要開始驗證環(huán)節(jié)，文獻中常用的驗證實驗方法包括：ChIP-qPCR、酵母單雜交、EMSA、雙熒光素酶報告實驗，我們可提供相關(guān)技術(shù)支持。
八、有哪些成功案例？
藍(lán)景科信已完成200+物種，3000+轉(zhuǎn)錄因子的實驗，周期短，口碑好，助力客戶發(fā)表高分文章Cell，Molecular Plant，Plant Biotechnology Journal，Plant Cell，PNAS，Plant Communications，Journal of Integrative Plant Biology，New Phytologist，International Journal of Biological Macromolecules，Horticulture Research，Plant Physiology等。
已做物種：
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