文獻(xiàn)解析：高深度免疫肽組學(xué)驅(qū)動胰腺癌隱秘抗原挖掘

瀏覽次數(shù)：274　發(fā)布日期：2025-6-10　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負(fù)

胰腺癌是一種對免疫療法反應(yīng)較差的實體瘤，其復(fù)雜的腫瘤免疫微環(huán)境和低突變負(fù)荷限制了傳統(tǒng)免疫治療的效果。近年來，研究發(fā)現(xiàn)癌細(xì)胞能夠翻譯非編碼基因元件產(chǎn)生隱匿性（非典型）肽段，這些肽段可以被人類白細(xì)胞抗原I類（HLA-I）呈遞，并可能被T細(xì)胞識別。然而，這些隱匿性肽段在胰腺癌中的特性及其免疫原性尚未被充分研究。因此，深入探索胰腺癌中隱匿性肽段的呈遞機制和免疫原性，對于開發(fā)新的免疫治療策略具有重要意義。

2025年5月8日，發(fā)表在《Science》上的最新研究“Pancreatic cancer–restricted cryptic antigens are targets for T cell recognition”，揭開了胰腺癌中這些隱藏的秘密。研究通過高深度免疫肽組學(xué)技術(shù)，在胰腺癌免疫肽組中鑒定出超過 1000 種隱秘抗原（ncHLAp），其中約 30%（517 種）為癌癥限制性隱秘抗原。這些肽主要來源于非編碼區(qū)域，且在 HLA 匹配患者中存在顯著共享性。通過體外 T 細(xì)胞平臺驗證，36.3% 癌癥限制的ncHLAp 具有免疫原性，可誘導(dǎo)抗原特異性 T 細(xì)胞，其效率與突變新抗原相當(dāng)，為胰腺癌的免疫治療提供了新的潛在靶點。

研究方法：

本研究采用高深度免疫肽組學(xué)技術(shù)，對12例胰腺癌患者來源的類器官（PDOs）和腫瘤組織樣本進(jìn)行分析，結(jié)合NGS測序，鑒定出大量非典型（隱匿性）抗原肽。研究者通過結(jié)合單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)，篩選出具有癌癥特異性的隱匿性肽段。此外，研究者開發(fā)了一套系統(tǒng)，用于生成和功能鑒定能夠識別這些隱匿性肽段的T細(xì)胞受體（TCR），并通過CRISPR基礎(chǔ)的TCR重定向技術(shù)驗證了這些TCR在體外和體內(nèi)對胰腺癌細(xì)胞的特異性殺傷能力。

圖1. 研究方法概述

研究結(jié)果：
一、胰腺癌深度免疫肽組的分析

研究者對12例PDAC PDOs進(jìn)行了深度免疫肽組分析，在 11 個 PDOs 中鑒定出超 91,000 種 HLA 結(jié)合肽（HLAp），多數(shù)為 8-11 個氨基酸的短肽，符合 HLA-I 結(jié)合特征。與整塊腫瘤相比，PDOs 顯著減少基質(zhì)和免疫相關(guān)基因信號，肽源基因模塊（PSGMs）在惡性細(xì)胞中特異性富集，而整塊腫瘤的 PSGMs 則廣泛分布于非惡性細(xì)胞，證實類器官能排除微環(huán)境干擾，精準(zhǔn)捕獲癌細(xì)胞肽組。

圖1.胰腺癌深度免疫肽組的檢測

二、胰腺癌中隱秘肽段的鑒定

首先，研究人員嘗試尋找傳統(tǒng)的靶點—突變來源的新抗原（mutHLAp）。對 11 例胰腺癌類器官（PDO）進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，結(jié)合患者特異性突變構(gòu)建質(zhì)譜搜索數(shù)據(jù)庫，卻僅在 4 例樣本中檢測到 5 個突變新表位（mutHLAp），表明傳統(tǒng)突變新表位在胰腺癌中極為有限。接下來，研究人員將注意力轉(zhuǎn)向了“隱秘抗原”（ncHLAp）。研究通過擴展搜索空間至未注釋開放閱讀框（nuORF）、保留內(nèi)含子等非編碼區(qū)域，鑒定出1,722 個 ncHLAp，占免疫肽組的 2.2%-10.1%（中位數(shù) 5.1%）。

圖2.胰腺癌隱秘肽段的實證研究

三、ncHLAp的癌癥限制性

為了評估ncHLAp的癌癥特異性，研究人員整合了28種健康組織的免疫肽組學(xué)數(shù)據(jù)、8種組織核糖體數(shù)據(jù)以及健康胸腺的免疫肽組學(xué)數(shù)據(jù)。對上述鑒定到的1712個ncHLAp進(jìn)行了系統(tǒng)篩選。結(jié)果顯示， 30%（517個）的ncHLAp僅在胰腺癌中檢測到，而且在患者間有較高的共享性，這種共享性使其可能成為廣譜治療靶點。

圖3. ncHLAp的癌癥限制性分析

四、胰腺癌限制性隱秘表位的免疫原性潛力

為評估胰腺癌限制性隱秘表位的免疫原性，研究利用體外 T 細(xì)胞啟動與擴增平臺。從健康人外周血單核細(xì)胞（PBMC）中分離單核細(xì)胞，誘導(dǎo)成樹突狀細(xì)胞（DC），通過將候選肽段負(fù)載于樹突狀細(xì)胞并激活 CD8+ T 細(xì)胞，系統(tǒng)評估了 56 個 ncHLAp的免疫原性。結(jié)果顯示，36.3% 的癌癥限制性的ncHLAp 可有效激活 T 細(xì)胞，而作為對照的非癌癥限制性的ncHLAp的免疫原性比例則顯著較低（8.7%）。并且，癌癥限制性的ncHLAp 的免疫原性與突變新表位（mutHLAp）相當(dāng)。

圖4.胰腺癌限制性隱秘表位的免疫原性潛力

五、靶向隱秘抗原的T細(xì)胞能識別并殺死胰腺癌類器官

研究人員通過單細(xì)胞TCR測序分離出17種癌癥限制性ncHLAp反應(yīng)性的T細(xì)胞受體（TCR），并利用CRISPR-Cas9技術(shù)構(gòu)建了TCR-T細(xì)胞。體外實驗顯示，高親和力TCR-T細(xì)胞（如TCR001、TCR012）能顯著識別并殺傷表達(dá)ncHLAp的胰腺癌類器官（PDO），表現(xiàn)為IFN-γ分泌和CD137上調(diào)。體內(nèi)實驗中，TCR001-T細(xì)胞顯著延緩NSG小鼠模型中的腫瘤生長（P<0.001）。丙氨酸掃描實驗證實了抗原-TCR結(jié)合的高度特異性。