分子鑒定實(shí)驗(yàn)

 

分子鑒定

諾晶生物

 

1.藻類(lèi)分子鑒定

原理

核糖體基因轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)( internal transcribed spacer，ITS )是位于核糖體DNA( rDNA )上18S和28S基因之間的區(qū)域片段，主要包括內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)1（ITS1）、5 .8S r DNA、內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2( ITS2)。與核糖體DNA中的18S、5.8S和28S的基因組序列相比較, ITS1和ITS2作為非編碼區(qū),承受的進(jìn)化選擇壓力較小,相對(duì)變化較大,可作為鑒定種間甚至物種水平良好的分子遺傳標(biāo)記。ITS區(qū)段的擴(kuò)增己普遍用來(lái)作為分類(lèi)鑒定及分析近緣種和種群的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的方法。

除了ITS區(qū)段，18S rDNA也是常用于藻類(lèi)分子鑒定和種系發(fā)生分析的靶基因，已被廣泛用于分子系統(tǒng)學(xué)研究，18S rDNA更能體現(xiàn)出種類(lèi)間的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系。解決了許多疑難藻類(lèi)的分類(lèi)鑒定問(wèn)題。

服務(wù)內(nèi)容

本公司根據(jù)客戶(hù)的要求，選擇采用ITS或18S rDNA鑒定，并進(jìn)行DNA序列解析。

服務(wù)說(shuō)明：

1. 我們目前接收的樣品形式為：基因組DNA、培養(yǎng)的藻液或離心沉淀的藻。 
2. 基因組DNA的濃度≥10 ng/μl，總體積≥20 μl，且無(wú)明顯降解。

 

 

 

2.細(xì)菌分子鑒定

細(xì)菌16S rDNA分子鑒定及全序列解析

細(xì)菌的rDNA有5S，16S，23S三種。其中5S rDNA信息量少，不適合分析，而23S rDNA分子量大，但堿基突變速率要比16S rDNA快得多，對(duì)于較遠(yuǎn)的親緣關(guān)系不適用。16S rDNA其大小在1,500 bp左右，所代表的信息量適中，因此是進(jìn)行分類(lèi)研究的理想材料。

細(xì)菌多位點(diǎn)分子鑒定及全序列解析

根據(jù)用戶(hù)的需求，為了提供高質(zhì)量、更為精準(zhǔn)的鑒定服務(wù)，我們也采用國(guó)際流行的多位點(diǎn)基因序列鑒定方法，候選的基因包括gyrB、recA、rpoB等。

服務(wù)內(nèi)容

擴(kuò)增細(xì)菌16S rDNA的全長(zhǎng)序列，約1,500 bp左右，進(jìn)行三個(gè)測(cè)序反應(yīng)，以得到較為全面的種屬特異性信息。

得到信息后，進(jìn)行生物信息學(xué)比對(duì)，以確定細(xì)菌的種類(lèi)，多數(shù)情況下可以精確到種，少數(shù)情況下也可以定位到屬。

   服務(wù)說(shuō)明

1. 我們目前接收的樣品形式為：基因組DNA、經(jīng)菌種分離后帶有單菌落的新鮮平板或斜面。由于平板和斜面以外的其它形式樣品實(shí)驗(yàn)成功率較低，所以我們暫不接收這樣的樣品。 
2. 基因組DNA的濃度≥10 ng/μl，總體積≥20 μl，且無(wú)明顯降解。平板或斜面應(yīng)長(zhǎng)有分離純化的單菌落。
3. 由于革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌的細(xì)胞壁較厚，采用試劑盒常規(guī)方法較難破壁，建議您提供基因組DNA(為了保證擴(kuò)增質(zhì)量，建議您提取后做一次乙醇沉淀以去除殘存的鹽離子等可能抑制PCR反應(yīng)的成分)。
4. 對(duì)于特殊菌株(如厭氧菌、放線(xiàn)菌等)，請(qǐng)?jiān)诜��?wù)委托書(shū)中加以說(shuō)明。
5. 常溫運(yùn)輸時(shí)間過(guò)長(zhǎng)會(huì)導(dǎo)致菌體老化，細(xì)胞壁難以破碎，因此對(duì)于平板或斜面，建議您使用冰袋運(yùn)輸。

 

 

 

 

3.真菌分子鑒定

原理

    真菌基因組中編碼核糖體RNA的基因有4種，26S rDNA、5S rDNA、18S rDNA和5.8S rDNA。真菌大亞基上的26S rDNA分子，可分為D1、D2…D12等多個(gè)區(qū)域，其中D1/D2區(qū)域序列長(zhǎng)度適中，適合于真菌鑒定。是目前流行的真菌分子鑒定和系統(tǒng)發(fā)生分析標(biāo)記。
    真菌的ITS (Internal Transcribed Space) 基因，包括ITS1及ITS2兩部分，進(jìn)化速度快，具有多態(tài)性，適于對(duì)親緣關(guān)系較近的菌株進(jìn)行區(qū)分鑒定。利用rDNA的保守序列設(shè)計(jì)引物，PCR擴(kuò)增未知真菌的26S rDNA D1/D2區(qū)或ITS區(qū)，測(cè)序后與GenBank中已知的序列進(jìn)行同源性比較，將未知真菌鑒定到屬或種。

服務(wù)內(nèi)容

真菌26S rDNA D1/D2區(qū)序列解析

     PCR擴(kuò)增真菌26S rDNA D1/D2區(qū)片段，長(zhǎng)度在500~600 bp左右，只需進(jìn)行一個(gè)測(cè)序反應(yīng)，即可得到26S rDNA D1/D2區(qū)序列信息。該方法尤為適合對(duì)酵母菌進(jìn)行鑒定。

l.真菌ITS區(qū)(包括ITS1、5.8S rDNA、ITS2) 全序列解析

      PCR擴(kuò)增真菌ITS區(qū)片段，長(zhǎng)度在300~1,000 bp左右，依據(jù)PCR擴(kuò)增片段的長(zhǎng)度，進(jìn)行一個(gè)或兩個(gè)測(cè)序反應(yīng)，即可得到ITS區(qū)全序列信息。

2.真菌18S rDNA區(qū)(包括ITS1、5.8S rDNA、ITS2) 全序列解析

     PCR擴(kuò)增真菌18S區(qū)片段，長(zhǎng)度在1.5K左右，進(jìn)行兩個(gè)測(cè)序反應(yīng)，即可得到18S區(qū)核心序列信息。

服務(wù)說(shuō)明

1. 目前我們接收的樣品形式為：

2. 基因組DNA：樣品濃度≥10 ng/μl，總體積≥20 μl。

3. 絲狀真菌：液體培養(yǎng)的菌絲，菌絲要保證新鮮，且經(jīng)過(guò)分純無(wú)其它菌體污染。

4. 酵母類(lèi)真菌：斜面或平板形式的分離純化后的新鮮單菌落。
5. 對(duì)于某些真菌，使用試劑盒常規(guī)方法破壁困難，建議您最好提供基因組DNA。
6. 如果因?qū)嶒?yàn)樣品不純?cè)斐傻臏y(cè)序套峰，本公司將收取全額實(shí)驗(yàn)費(fèi)用。

7.只接受非人類(lèi)致病真菌的分子鑒定。

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