基因芯片數(shù)據(jù)處理和生物信息學(xué)分析

基因芯片數(shù)據(jù)處理和生物信息學(xué)分析    

 提供豐富的芯片分析科研圖譜，完整的生物信息學(xué)分析，充分挖掘芯片掃描（或測序）結(jié)果的生物學(xué)信息，使用同一原始數(shù)據(jù)，卻可獲得多個層次的歸納結(jié)果，是科研文章發(fā)表和深入科研實驗研究的最佳選擇。

一.   基因芯片結(jié)果分析

        1.   差異表達基因分析

             基因芯片數(shù)據(jù)標準化、上調(diào)基因/下調(diào)基因、t-檢驗（P值）、方差分析（F-檢驗）、基因聚類（Cluster）、熱圖（Heatmap）、多樣本分子標志物聚類（如腫瘤分子標志物聚類分析）。可分析mRNA表達譜、miRNA表達譜和甲基化基因芯片數(shù)據(jù)表達譜差異。（結(jié)果形式：分析表格、紅綠熱圖、Cluster分類樹）

        2.  基因數(shù)據(jù)相關(guān)性分析

             分析內(nèi)容：基因芯片數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和分析（結(jié)果形式：相關(guān)性分析結(jié)果表格）

        3.  GO分析（Gene Ontology）

           分析內(nèi)容：包含基因芯片內(nèi)所有差異表達基因的GO功能注釋（結(jié)果形式：注釋表格）和GO功能富集分析圖（結(jié)果形式：熱圖Heatmap和聚類Cluster）。

       4.  Pathway分析

            分析內(nèi)容：所有差異基因相關(guān)的KEGG代謝通路、BioCarta或細胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路（Signal Pathway）（結(jié)果形式：pathway表格)、Pathway富集分析圖（結(jié)果形式：熱圖Heatmap/聚類Cluster ，富集參數(shù)表格）

      5.  miRNA靶點基因預(yù)測和新miRNA預(yù)測

           分析內(nèi)容：預(yù)測差異表達miRNA的靶點基因、KEGG pathway （結(jié)果形式：注釋表格）  

       6.   甲基化位點分析

            分析內(nèi)容：甲基化位點分布，高甲基化/低甲基化位點分布（結(jié)果形式：餅圖或柱圖）

        7.  SNP位點分析

            分析內(nèi)容：分析某一細胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路機制或某一疾病相關(guān)的主要SNP位點。（結(jié)果形式：分析表格）

二.   基因組測序序列分析

        1.  全基因組序列功能注釋

         分析內(nèi)容：預(yù)測基因組編碼區(qū)ORF（CDS）、tRNA、rRNA的起始位點和終止位點和長度，并注釋基因功能。（結(jié)果形式：分析表格）

         2.   全基因組序列拼接

         分析內(nèi)容： 將短的測序序列拼接成一個完整的基因組fasta序列文件。（結(jié)果形式：fasta序列文件）

          3.  全基因序列功能聚類

           分析內(nèi)容： 將基因組所有基因序列進行功能分類 （結(jié)果形式： 餅圖，功能分類層次表）

          4. 系統(tǒng)發(fā)育樹/物種進化樹/分子進化樹構(gòu)建

              分析內(nèi)容：通過ClustalW進行多基因組序列比對，構(gòu)建不同物種之間的進化樹。（結(jié)果形式：進化樹圖，模式可選）

          5.  不同基因組序列KEGG代謝通路分析

               分析內(nèi)容：預(yù)測基因組基因的KEGG代謝途徑。（結(jié)果形式：KEGG圖譜）

         6.  全基因組CDS編碼區(qū)分布圖（circos圈圖）

              分析內(nèi)容：繪制全基因組基因分布、tRNA分布和rRNA分布圖。（結(jié)果形式：circos圈圖）

         7.  多基因組GO功能差異分析

              分析內(nèi)容：繪制不同物種的基因組GO功能差異圖。（結(jié)果形式：柱圖）

        8.  共線性分析

        9.  SNP位點連鎖不平衡分析

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