生物信息學分析服務-芯片，序列分析、注釋

生物信息學分析 ：基因芯片數據分析、序列分析（序列比對、注釋分析）   

一.   基因芯片數據分析

        1.   差異表達基因分析

             基因芯片數據標準化、上調基因/下調基因、t-檢驗（P值）、方差分析（F-檢驗）、基因聚類（Cluster）、熱圖（Heatmap）、多樣本分子標志物聚類（如腫瘤分子標志物聚類分析）。可分析mRNA表達譜、miRNA表達譜和甲基化基因芯片數據表達譜差異。（結果形式：分析表格、紅綠熱圖、Cluster分類樹）

        2.  基因數據相關性分析

             分析內容：基因芯片數據質量控制和分析（結果形式：相關性分析結果表格）

        3.  GO分析（Gene Ontology）

           分析內容：包含基因芯片內所有差異表達基因的GO功能注釋（結果形式：注釋表格）和GO功能富集分析圖（結果形式：熱圖Heatmap和聚類Cluster）。

       4.  Pathway分析

            分析內容：所有差異基因相關的KEGG代謝通路、BioCarta或細胞信號轉導通路（Signal Pathway）（結果形式：pathway表格)、Pathway富集分析圖（結果形式：熱圖Heatmap/聚類Cluster ，富集參數表格）

      5.  miRNA靶點基因預測

           分析內容：預測差異表達miRNA的靶點基因、KEGG pathway （結果形式：注釋表格）  

       6.   甲基化位點分析

            分析內容：甲基化位點分布，高甲基化/低甲基化位點分布（結果形式：餅圖或柱圖）

        7.  SNP位點分析

            分析內容：分析某一細胞信號轉導通路機制或某一疾病相關的主要SNP位點。（結果形式：分析表格）

二.   基因組測序序列分析

        1.  全基因組序列功能注釋

         分析內容：預測基因組編碼區(qū)ORF（CDS）、tRNA、rRNA的起始位點和終止位點和長度，并注釋基因功能。（結果形式：分析表格）

         2.   全基因組序列拼接

         分析內容： 將短的測序序列拼接成一個完整的基因組fasta序列文件。（結果形式：fasta序列文件）

          3.  全基因序列功能聚類

           分析內容： 將基因組所有基因序列進行功能分類 （結果形式： 餅圖，功能分類層次表）

          4. 系統(tǒng)發(fā)育樹/物種進化樹/分子進化樹構建

              分析內容：通過ClustalW進行多基因組序列比對，構建不同物種之間的進化樹。（結果形式：進化樹圖，模式可選）

          5.  不同基因組序列KEGG代謝通路分析

               分析內容：預測基因組基因的KEGG代謝途徑。（結果形式：KEGG圖譜）

         6.  全基因組CDS編碼區(qū)分布圖（circos圈圖）

              分析內容：繪制全基因組基因分布、tRNA分布和rRNA分布圖。（結果形式：circos圈圖）

         7.  多基因組GO功能差異分析

              分析內容：繪制不同物種的基因組GO功能差異圖。（結果形式：柱圖）

        8.  共線性分析

        9.  SNP位點連鎖不平衡分析

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