芯空一號實現(xiàn)的單細胞空間轉錄組檢測數據
Visium空間轉錄組測序，作為第一個商業(yè)化的空間轉錄組檢測平臺，這些年來極大地促進了空間組學的發(fā)展，也助力了很多高影響因子研究成果的發(fā)表。然而，第一代產品55μm尺度，OCT冷凍樣本的實驗方案，還是影響了大量臨床石蠟樣本的檢測；第二代CytAssist平臺的升級，不光實現(xiàn)了對石蠟組織樣本的拓展，也解決了樣本用普通玻璃片貼片再進行運送的問題；第三代Visium HD產品的升級，再次突破了檢測分辨率的局限，直接從55μm提高了到2μm分辨率。雖然從分辨率上來說，2μm的大小遠小于單個細胞的直徑，但是從分析角度來說，由于沒有更多的方法協(xié)助，還是做不到單個細胞的分辨率。如果有人跟你說，HD就是單細胞空間轉錄組檢測，放心，他絕對在忽悠人。
然而，要想實現(xiàn)HD數據單細胞空間分辨率的夢想還是要有的，這會兒還真能實現(xiàn)了。利用上機樣本的HE染色圖片，結合數據2μm尺度的分辨率，我們用新的算法軟件，實現(xiàn)了對HD數據進行細胞分割的想法。終于，在這個動蕩混亂的時代，我們還是在艱苦奮斗中有了一點小的突破。終于，在AI智能時代來臨之際，全轉錄組單細胞分辨率的Visium空間產品問世了。
讓我們一起來看一下HD數據實現(xiàn)的單細胞空間轉錄組數據：
分析一
圖A，HE染色形態(tài)圖；圖B，算法識別到的細胞形態(tài)圖；圖C，圖A中紅框區(qū)域識別到的分割局部圖分析二
圖A，細胞分群全局圖；圖B，局部區(qū)域不同Cluster分布；圖C，細胞注釋全局圖；圖D，局部區(qū)域各細胞類型分布分析三
圖A，腸上皮細胞Enterocyte marker Apoa1的表達分布總圖；圖B，Apoa1的表達分布局部圖；圖C，對應圖B區(qū)域的細胞注釋圖尖端生命科學與生物醫(yī)藥創(chuàng)新技術服務中心（CITC）-SBC服務平臺部深耕組學研究20年，無論是芯片還是測序，單細胞亦或是空間組學，經驗豐富的我們與“芯空一號”，讓您的生命科學研究更上一層樓。歡迎各位老師前來咨詢！
