在MANTIS上用SMART-Seqv4低輸入RNA試劑盒構(gòu)建cDNA1/4反應庫進行測序

I. 目的

本實驗方案的目的是描述如何在1 / 4體積反應中，使用MANTIS在96孔板上制備和組合試劑，以構(gòu)建高通量SMART-Seq v4 cDNA文庫。

II. 注意事項

1. 下面指定的試劑體積是使用SMART-Seq v4 Ultra低輸入RNA試劑盒按照本方案進行測序時精確計算得出的，該試劑盒用于測序，可在三塊孔板上進行96次反應，每塊板四分之一體積試劑，使用單一的96反應試劑盒(634891。為了確保試劑有足夠的數(shù)量進行3x96個1/4體積反應，請務必遵守LV、HV芯片的灌注和預分配體積:

• LV芯片灌注體積= 5.4 μl 

• LV芯片預分配體積為=1.2 μl 

• HV芯片灌注體積=12 μl 

• HV芯片預分配體積=5 μl

1. 每一個新的添加物使用一個新的芯片。在一天運行結(jié)束后，按照相應的洗滌步驟清洗所有LV和HV芯片。

2. 注意避免在整個過程中出現(xiàn)氣泡。

3. 有關SMART-Seq v4 Ultra低輸入RNA試劑盒測序的更多信息，請參考試劑盒用戶手冊，可在takarabio. com/manuals獲得。

III. 實驗方案

A.反應緩沖液的制備

1. 使用1.5 ml微量離心管，手動分配31μl的10X裂解液。加入RNAse抑制劑1.6μl，核酸酶游離水46.5μl。然后用旋渦輕輕混合，快速旋轉(zhuǎn)試劑。

B. 樣品的制備

1.在不含Mg2 +和Ca2 +離子的PBS中洗滌細胞，然后將細胞分配或分選到96-孔板的各個孔中，使每個細胞懸浮于2μl不含Ca2 + / Mg2 +的PBS中（更小的懸浮體積也在接受范圍內(nèi)，參閱步驟3）。

2.在200ul移液器吸頭中裝入72.75ul反應緩沖液，然后將吸頭裝到LV Mantis芯片上（位置1）。對MANTIS進行編程，以從所選位置添加0.6 µl反應緩沖液。

3.可選：如果步驟1中每個單細胞懸浮液的體積小于2 ul，則用200μl無核酸酶水填充200μl移液器吸頭，并將吸頭裝到Mantis LV芯片上（位置6）。對MANTIS進行編程，以從選定位置添加足夠量的無核酸酶水，以使每個孔的總流體量達到2 µl。對于陰性對照樣品，在空的孔中加入2µl無核酸酶的水。

4.在200ul 移液器吸頭中裝入60ul 3'SMART CDS Primer IIA，然后裝到LV Mantis芯片上（位置2）。對MANTIS進行編程，以從所選位置添加0.5µl 3'SMART CDS Primer IIA（12µM）。

5. 用封口膠帶密封孔板，收集試劑，輕輕旋轉(zhuǎn)3-5次孔板。以每分鐘2000轉(zhuǎn)的速度旋轉(zhuǎn)孔板30-60秒。

C.低聚糖退火

1.將孔板從B部分轉(zhuǎn)移到預熱的熱循環(huán)器中，并在72度下孵育3分鐘。

2. 孵化3分鐘后，放置到冰塊上2分鐘。

3. 當孔板放在冰上時，準備RT反應混合液(下方D部分)。

D.RT反應混合液的制備

1. 將下列試劑按如下順序室溫添加到1.5 ml無核酸酶管中，務必在使用前最后添加SMARTScribe™II逆轉(zhuǎn)錄酶。上下輕輕混合。為了生成足夠96次反應的主混合物，使用多10％體積的試劑，以及10uL灌注體積 進行溢出反應。

2.在2,000µl的移液管吸頭中加入208 ul的RT反應混合液，裝到LV MANTIS芯片上(位置3)。用MANTIS液處理器編程，將1.9µl的RT反應混合液加入到選擇的孔中。

3. 用封口膠帶密封孔板，收集試劑，輕輕旋轉(zhuǎn)3-5次孔板。以每分鐘2000轉(zhuǎn)的速度旋轉(zhuǎn)孔板30-60秒。

E.第一鏈的合成

1. 將孔板從D部分轉(zhuǎn)移到一個預熱的熱循環(huán)器中，并運行以下程序 :

F.PCR擴增cDNA

1.將下列試劑在1.5uL管中冰上混合。務必在使用前最后添加SeqAmp™DNA聚合酶。上下吹打輕輕混合。上下輕輕混合。為了生成足夠96次反應的主混合物，使用足夠進行12個溢出反應的試劑量（即總共108個反應）。

2.在1,000 ul的移液管吸頭中加入810 ul的RT反應混合液，裝到MANTIS芯片上(位置3)。用MANTIS液處理器編程，將7.5 µl的RT反應混合液從選擇的位置加入到96孔中。

3. 用封口膠帶密封孔板，收集試劑，輕輕旋轉(zhuǎn)3-5次孔板。以每分鐘2000轉(zhuǎn)的速度旋轉(zhuǎn)孔板30-60秒。

4. 將孔板轉(zhuǎn)移到預熱的熱循環(huán)器中，然后運行以下程序：

*使用以下表格作為指導，以幫助確定輸入的最佳PCR循環(huán)次數(shù):

5. PCR反應完成后，在200µl移液管吸頭中加入60µl的10X裂解緩沖液，并將吸頭裝到LV Mantis芯片上（位置1）。用MANTIS液處理器編程，將0.3 μl的10X裂解緩沖液加入到選擇的孔中。

6.如下一階段(階段G)所示，可以使用SPRI beads磁珠手工純化cDNA。

G.用Agencourt AMPure XP試劑盒純化擴增的cDNA

1. 每次使用前，取磁珠等分液置于室溫下至少30分鐘，攪拌均勻即可。

2. 每次實驗準備新鮮的80%乙醇。每個樣品需要100 μl。

3. 需要一個能容納96孔板的磁力分離架。

4. 旋轉(zhuǎn)AMPure XP磁珠混合均勻，然后在每個樣品中加13 μl。

5. 通過輕輕旋轉(zhuǎn)或上下?lián)u晃移液至少10次，徹底混合。

6. 室溫孵化8分鐘，讓cDNA與磁珠結(jié)合。

7. 輕輕地旋轉(zhuǎn)樣品，從樣品孔的側(cè)面收集液體。將樣品放在磁力分離架上約5分鐘或更長時間，直至液體完全清澈，上清液中無磁珠殘留。

8. 當樣品放在磁力分離架上時，用移液管移去上清液并丟棄。

9.把樣品放在磁力分離架上。每個樣品添加50μl新鮮配制的80%乙醇，不干擾磁珠。等待30秒后，小心移去含有污染物的上清液。在清洗過程中， cDNA將繼續(xù)結(jié)合在磁珠上。

10. 重復乙醇清洗(步驟9)一次。

11. 輕輕地旋轉(zhuǎn)樣品，從樣品孔的側(cè)面收集液體。將樣品放在磁力分離架上30秒，然后用吸管除去所有剩余的乙醇。

12. 在室溫下放置樣品約2-2.5分鐘，直到顆粒不再有光澤，但在裂紋出現(xiàn)之前。

13. 待磁珠干燥后，加17μl的洗脫緩沖液蓋住磁珠。從磁力分離架中取出樣品，徹底混合，重新懸浮磁珠。

14. 室溫孵化2分鐘以補水。

15. 輕地旋轉(zhuǎn)樣品，從樣品孔的側(cè)面收集液體。將樣品放在磁力分離架上約1分鐘或更長時間，直至液體完全清澈。

16. 含有純化cDNA的上清液從每個孔轉(zhuǎn)移到無核酸酶，低粘附力的管中。在每個試管上貼上樣品信息標簽，并在-20°C保存。