SNP分型服務(wù)

質(zhì)譜是帶電原子、分子或分子碎片按分子量（質(zhì)荷比）的大小順序排列的圖譜。質(zhì)譜儀可通過對物質(zhì)的分子量（質(zhì)荷比）進(jìn)行檢測，達(dá)到區(qū)分、鑒別物質(zhì)的目的。SNP位點兩個等位基因之間存在分子量差異，通過分型實驗將差異放大，然后以質(zhì)譜儀進(jìn)行檢測即可達(dá)到SNP分型的目的。帶電物質(zhì)無電場的真空管（Drift region）中的飛行速度與分子量負(fù)相關(guān)，分子量越小，飛行速度越快，到達(dá)檢測器（Detector）的時間越早，反之亦然。

 

圖1：飛行時間質(zhì)譜檢測物質(zhì)分子量的原理

MassEXTEND單堿基延伸反應(yīng)，緊挨SNP位點設(shè)計一段探針，在反應(yīng)體系中以ddNTP替代dNTP，使探針僅在SNP位點處延伸一個堿基即終止。根據(jù)SNP位點的不同，探針將結(jié)合不同的ddNTP，從而具有不同的分子量，質(zhì)譜儀即可檢測出這種分子量差異，從而實現(xiàn)SNP分型的目的。

 

圖2：飛行時間質(zhì)譜法對SNP進(jìn)行分型的原理示意圖

（1）質(zhì)譜儀檢測的是分子最本質(zhì)的特征之一——分子量，不涉及熒光標(biāo)記、凝膠電泳等，就能檢測一個堿基的差異，準(zhǔn)確性高，機器本身出錯的概率非常低；

（2）質(zhì)譜儀的靈敏度非常高，檢測窗口內(nèi)，任何pmol級別的物質(zhì)都能被檢測出來；

（3）通量高：幾秒就能檢測完一個反應(yīng)孔；

（4）操作簡單，儀器要求簡單，除質(zhì)譜儀外，都是常規(guī)PCR儀器；

（5）靈活：每天可以完成幾個反應(yīng)至上萬個反應(yīng)；

（6）便宜：引物不帶熒光標(biāo)記，普通長度（3條引物總長80bp左右），此外在一個反應(yīng)孔內(nèi)能完成4個或更多的反應(yīng)，即通常所說的4重反應(yīng)；

（7）兼容性強：質(zhì)譜儀還能在核酸的其它方向，以及蛋白質(zhì)組學(xué)、微生物鑒定等領(lǐng)域也能應(yīng)用。

（8）質(zhì)譜技術(shù)是“一管式操作”，即反應(yīng)體系在生化學(xué)實驗過程中始終在一個試管內(nèi)反應(yīng)，沒有多次轉(zhuǎn)移，這樣就減少被污染的概率。

 

位點選擇（a、客戶提供 b、公司技術(shù)設(shè)計）

 

引物設(shè)計（Sequenom Assay design軟件設(shè)計，最終確定檢測位點）

 

樣本提供（a、全血或組織 b、DNA樣本，濃度10-20ng/ul，體積20ul左右）

 

Sequenom質(zhì)譜檢測

 
 

數(shù)據(jù)分析（關(guān)聯(lián)差異分析、單倍體型分析等）

 

實驗周期在2-3周以內(nèi)即可全部完成。

 

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